Welcome to aitomic’s documentation!¶
GitHub: https://github.com/aichemy-hub/aitomic
aitomic is a Python library developed by the AIchemy Hub for making AI in chemistry simple. As a chemical
researcher, you likely do not want to spend your time thinking about how to
organize your data or collect it from various sources. Most likely, you want to
write simple function call and get access to all your data in a data frame.
Well, thats what aitomic does for you. Currently, the library provides
tools for accessing your NMR data stored in a NOMAD NMR server. For example:
from aitomic import bruker, nomad_nmr
client = nomad_nmr.Client.login(
"http://demo.nomad-nmr.uk",
username="demo",
password="dem0User",
)
experiments = client.auto_experiments()
peak_df = bruker.nmr_peaks_df_1d(experiments.download())
peak_df = nomad_nmr.add_metadata(client, peak_df)
┌─────────────────────────────────┬──────────┬──────────────┬────────────────────────────────┬───┬──────────────┬──────────┬──────────────────────────┬─────────────┐
│ spectrum ┆ ppm ┆ integral ┆ auto_experiment_id ┆ … ┆ submitted_at ┆ username ┆ group_id_right ┆ group_name │
│ --- ┆ --- ┆ --- ┆ --- ┆ ┆ --- ┆ --- ┆ --- ┆ --- │
│ str ┆ f64 ┆ f64 ┆ str ┆ ┆ null ┆ str ┆ str ┆ str │
╞═════════════════════════════════╪══════════╪══════════════╪════════════════════════════════╪═══╪══════════════╪══════════╪══════════════════════════╪═════════════╡
│ 2410081201-0-1-lukasturcani/10… ┆ 8.344768 ┆ 20680.796875 ┆ 2410081201-0-1-lukasturcani-10 ┆ … ┆ null ┆ test3 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fee ┆ test-admins │
│ 2410081201-0-1-lukasturcani/10… ┆ 8.339878 ┆ 31792.195312 ┆ 2410081201-0-1-lukasturcani-10 ┆ … ┆ null ┆ test3 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fee ┆ test-admins │
│ 2410081201-0-1-lukasturcani/10… ┆ 8.338044 ┆ 20503.757812 ┆ 2410081201-0-1-lukasturcani-10 ┆ … ┆ null ┆ test3 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fee ┆ test-admins │
│ 2410081201-0-1-lukasturcani/10… ┆ 8.336821 ┆ 10042.96875 ┆ 2410081201-0-1-lukasturcani-10 ┆ … ┆ null ┆ test3 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fee ┆ test-admins │
│ 2410081201-0-1-lukasturcani/10… ┆ 8.323985 ┆ 10558.703125 ┆ 2410081201-0-1-lukasturcani-10 ┆ … ┆ null ┆ test3 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fee ┆ test-admins │
│ … ┆ … ┆ … ┆ … ┆ … ┆ … ┆ … ┆ … ┆ … │
│ 2410161546-0-1-admin/10/pdata/… ┆ 1.398485 ┆ 10062.0 ┆ 2410161546-0-1-admin-10 ┆ … ┆ null ┆ test1 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fed ┆ group-1 │
│ 2410161546-0-1-admin/10/pdata/… ┆ 1.238337 ┆ 4.8948e7 ┆ 2410161546-0-1-admin-10 ┆ … ┆ null ┆ test1 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fed ┆ group-1 │
│ 2410161546-0-1-admin/10/pdata/… ┆ 1.051905 ┆ 31991.0 ┆ 2410161546-0-1-admin-10 ┆ … ┆ null ┆ test1 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fed ┆ group-1 │
│ 2410161546-0-1-admin/10/pdata/… ┆ 1.048848 ┆ 41602.6875 ┆ 2410161546-0-1-admin-10 ┆ … ┆ null ┆ test1 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fed ┆ group-1 │
│ 2410161546-0-1-admin/10/pdata/… ┆ 0.858137 ┆ 146085.9375 ┆ 2410161546-0-1-admin-10 ┆ … ┆ null ┆ test1 ┆ 672fdae0eb3b1c3c17062fed ┆ group-1 │
└─────────────────────────────────┴──────────┴──────────────┴────────────────────────────────┴───┴──────────────┴──────────┴──────────────────────────┴─────────────┘
Installation¶
You can install aitomic via pip:
$ pip install aitomic